ich habe etwas herumprobiert und folgendes funktioniert für mich derzeit hinreichend gut. Bitte beachtet - ich befasse mich erst seit 4 Wochen mit PHP & co und insbesondere mit Contenido - es wir sich also nicht um DIE Lösung handeln, aber es geht zunächst.
Meine Umgebung :
Xampp unter Windows XP, PHP 5.1.4
Contenido aktuelle Version
PHPEdit 2.10. (Release Candidate)
alles auf localhost (=Entwicklugsumgebung)
1)
Für das Debuggen muß zunächst der php - Debugger aktiviert werden :
Das machen wir durch folgende Einträge in der PHP.INI im apache/bin - Verzeichnis.
extension=php_dbg.dll
[debugger]
debugger.enabled = On
debugger.profiler_enabled = On
debugger.JIT_enabled = On
debugger.JIT_host = clienthost
debugger.JIT_port = 7869
debugger.enable_session_cookie = Off
debugger.fail_silently = On
debugger.ignore_nops = Off
debugger.profiler_enabled = true
debugger.session_nocache = On
debugger.timeout_seconds = 300
(Hier gehen bestimmt auch andere Einstellungen, ich weiss ehrlich gesagt auch gar nicht, was das im Einzelnen alles bedeutet

2)
Jetzt erzeugen wir in phpEdit zunächst ein neues Projekt mit Hilfe des Assistenten :
Im Solution Explorer (wenn der weg sein sollte : <Ansicht><Fenster andocken>) Rechte Maus -> neues Projekt ->
Filename : beliebig
Name : z.B. Contenido
Weiter->
Im Project inclusion Dialog den Pfad zur Contenido - Installation (z.B. \xampp\htdocs\contenido)
Weiter-> und finish->
Nun haben wir schön übersichtlich das gesamte Contenido vor uns. Das ist aber für's eigentliche debuggen erstmal nur schmückendes Beiwerk.
3)
Den zu debuggenden Modulcode kopieren wir in eine Datei *.php die wir zweckmäßigerweise in einem eigenen Ordner (z.B. ...\Contenido\Contenido\debug\) ablegen.
4)
Im Contenido Modul - Editor schreiben wir stattdessen nur ein
include ( $contenido_path . "debug\meincode.php") (Beispiel).
5)
Die php - Datei können wir im phpEdit erstmal öffnen und bearbeiten.
Statt eines Breakpoints (das geht leider irgendwie nicht) schreiben wir eine debugbreak() - Anweisung.
6)
Schließlich starten wir Contenido aus dem Browser heraus (bei mir : MSIE 7) Der Start im internen phpEdit - Debugger geht zwar, führt aber dann später zu undefiniertem Verhalten.
Wir navigieren uns durch das contenido - Menü zur Seite mit unserem Modul (können wir ja als Startseite einrichten

7)
Sobald contenido an die debugbreak() - Anweisung kommt, springt der Focus zu phpEdit und ich kann jetzt Schritt - für Schritt ausführen (F7/F8 ), Variablen inspizieren usw. - Alles was das Herz begehrt. Auch das Verzweigen in andere (contenido) - Quelltexte funktioniert.
8 )
Wenn das Modul einmal 'abgearbeitet' ist, sind auch Änderungen möglich. Ein Reload im Browser testet erneut.
So, das war's. Das geht sicherlich auch mit anderen Entwicklungsumgebungen aber wie bereits gesagt : Weder Zend noch Eclipse noch ... kamen gleich so schön mit den gesamten Contenido klar.
Ich hoffe, das Ganze ist halbwegs nachvollziehbar und funktiniert auch bei Euch.
P.S. Ich weiß, dass der IE in Webdesinger - Kreisen nicht den besten Ruf hat, aber es gibt da ein tolles Plugin : IE Developer Toolbar
Ein schöner 'Spicker'

Viele Grüße
Tino