die Metatags werden in der Datei "contenido/includes/functions.con2.php" generiert in der Funktion conGenerateCode() generiert (siehe unteres drittel der Funktion).
Es gibt auch eine Chain, mit der man Einfluss auf die Generierung der Metatags hat, siehe die Datei "contenido/plugins/chains/includes/include.chain.content.createmetatags.php". Du kannst die Logik in der Datei zwar anpassen, was aber beim nächsten Contenido-Update überschrieben wird.
Damit lässt sich aber nicht alles steuern, den Metatag für Content-Type und Encoding kannst du nur in der conGenerateCode() entfernen, das geht nicht mit der Chain.
Damit Änderungen an der Metatag-Generierung wirken, musst du für den Mandanten die Tablle con_code und das cache Verzeichnis leeren (siehe "Administration -> System -> Purge" im Backend).