Mit Debuggern zu arbeiten ist recht umständlich und aufwändig.
Wie man bei Eclipse

einen Breakpoint setzt, steht hier ungefähr:
http://www.eclipse.org/pdt/help/html/wo ... bugger.htm
Ähnliches gibt es auch für PHPSTORM, sogar mit Ton und Bild:
https://www.youtube.com/watch?v=MAgdj0bx5D4
Ich finde var_dump gar nicht schlecht, es zeigt alle Informationen einer Variablen an, auch Objekte.
Bisher hatte ich es noch nicht als nötig empfunden, Module über Entwicklungsumgebung und entsprechendem Debugger laufen zu lassen. Die Möglichkeiten von PHP und Contenido reichten da völlig aus und für Module werfe ich meistens erst gar keine Entwicklungsumgebung an sondern benütze nur einen Editor (bei Plugins sieht es schon etwas anders aus).
Das Problem ist ja die Abhängigkeit des Debuggers vom Server mit PHP, in welcher Umgebung läuft der Debugger?
Das funktioniert dann meistens nur auf einer eigenen Server-Installation auf dem PC (Windows?) oder einem eigenen Server im Netz.
Oft läuft Contenido auf einem Shared Hosting bei einem Hoster und wenn ich Programme lokal auf dem Homeserver entwickle, heißt das nicht, dass es dann auch im Netz läuft. Darum lohnt sich bei Contenido eher selten der Aufwand und bei Modulen schon gar nicht.
Da reicht mir sehr oft echo, print_r, var_dump, der Contenido Debugger, Error-Listen und wenn es mal aufwändiger sein muss, dann eine nette HTML-Ausgabe in ein File.
Darum verstehe ich die Frage nicht so ganz.

Fliegt der Bauer übers Dach, ist der Wind weißgott nicht schwach.