...Die xml liegen alle in /cms/data/version/module/nn (nn für eine Zahl von 59 bis 65). Woher kommen die?...
Die XML-Dateien sind alte Versionen der Module. Immer, wenn man über das Backend ein Modul speichert und die Versionierung ist aktiv, wird eine Sicherung des Modulcodes gemacht. Bei Bedarf kann man somit auch zur einer vorherigen Version des Moduls wechseln. Das Ganze gilt auch für CSS-/JS-Dateien, Templates und Layouts.
...Ich kann das doch auch ignorieren, es sind ja nur Warnungen, richtig?...
Ja, momentan kannst du die Warnungen ignorieren, es kann aber sein, dass dies in zukünftigen PHP-Versionen einen Fehler wirft.
Besser wäre es, alle Vorkommen von session_start() unter cms/data/modules zu prüfen und diese ggf. auszukommentieren, da die Session schon beim Initialisieren von CONTENIDO startet, also bevor der Code der Module ausgeführt wird.